Środowisko wodne stwarza dogodne warunki do prowadzenia terapii w chorobach nerwowo-mięśniowych. Bardzo często są to udary, bóle fantomowe, paraplegia i tetraplegia, stwardnienie rozsiane, choroby układu pozapiramidowego, zespoły bólowe, podwyższone napięcie mięśniowe, uszkodzenie nerwów obwodowych. Efekty terapii w schorzeniach neurologicznych powodują wzmocnienie wybranych grup mięśni, poprawę ruchu w stawach, poprawę i doskonalenie reakcji równoważnych, obniżenie lub wzmocnienie napięcia mięśniowego, zmniejszenie dolegliwości bólowych, korekcję postawy.

Ćwiczenia w wodzie zmniejszają lęk pacjenta przed bólem oraz niestabilnością stawów. Terapeuta dobiera odpowiednie pozycje, które pozwalają na efektywną pracę stawów kolanowych i biodrowych. Dochodzi do zwiększenia zakresu ruchu, ograniczenia występowania przykurczy, rozluźnienia napiętych mięśni i ograniczenia występowania bólu, przez co w wodzie pacjent będzie chętniej współpracował.

Metoda PNF w środowisku wodnym może być wykorzystana także w przeciwdziałaniu skutkom osteoporozy. Możemy prowadzić ćwiczenia korygujące wady postawy ciała (antykifotyczne, rozciągające, rozluźniające i wzmacniające mięśnie), ćwiczenia koordynacyjne, oporowe dla kończyn górnych i dolnych oraz oddechowe. Celem leczenia osteoporozy w szczególności jest: zmniejszenie dolegliwości bólowych, zwiększenie aktywności ruchowej, zapobieganie zmniejszeniu masy mięśniowej, łagodzenie objawów depresji.